フリーソフトでもできますが
コ マンドラインで暗号化できるようなので実施し てみます。
ファイル右クリックで圧縮したZIPファイルだと暗号化に失敗するようです...

zipコマンド引数で設定可能。

> zip -e [ZIPファイル名] [圧縮対象ファイル名]
Enter password: ***********
Verify password: ***********
encrypting: [ZIPファイル名]

サーバーにログイン
[hoge@hogeserver:/hoge/ver2]$ find ./ -name "._*"
これで/hoge/ver2/内の._から始まるファイルをみつける
[hoge@hogeserver:/hoge/ver2]$ find ./ -name "._*" -exec rm -f {} \;
これで/hoge/ver2/内の._から始まるファイルを全削除する
実行後に
[hoge@hogeserver:/hoge/ver2]$ find ./ -name "._*"
をたたいてなにも出なければ成功!